Gümrük kontrolü altında işleme rejimi, serbest dolaşıma girmemiş eşyanın Türkiye Gümrük Bölgesinde, ithalat vergilerine veya ticaret politikası önlemlerine tabi tutulmaksızın, niteliğini veya durumunu değiştiren işlemlere tabi tutulmaları ve bu işlemlerden elde edilen ürünlerin ithalat vergileri üzerinden serbest dolaşıma girmelerine ilişkin hükümlerin uygulandığı rejimdir. Gümrük kontrolü altında işleme rejiminin uygulanabilmesi için, işlenmiş ürünün ithalat vergisinin, bünyesinde bulundurduğu ithal ürünün vergisinden daha düşük olması gerekmektedir. Gümrük kontrolü altında işleme rejimi izin başvurusu, Gümrük Yönetmeliğinin 55 No.lu ekinde yer alan formun doldurulması ile yapılır.

Gümrük Kontrolü Altında İşleme Rejimi kapsamında getirilen eşya için, kural olarak gümrük müdürlüğüne eşyanın gümrük vergileri tutarının % 20 fazlası miktarında teminat verilir. 2009/15481 sayılı Bakanlar Kurulu Kararının 115 ve 116 ıncı maddelerinde belirtilen durumlarda teminat verilmesi gerekmez veya kısmi teminat uygulanır. Gümrük müdürlüğünce, 6183 sayılı Amme Alacaklarının Tahsil Usulü Hakkında Kanunu'nun 10 uncu maddesinde belirtilen teminat çeşitleri, teminat olarak kabul edilebilir. 06.06.2013 Tarihli 28669 Sayılı Resmi gazetede yayınlanan Gümrük Genel Tebliği (Gümrük Kontrolü Altında İşleme Rejimi) (Seri No:3) de Değişiklik Yapılmasına Dair Tebliğ (Gümrük Kontrolü Altında İşleme) (Seri No:4)