Gümrük Uzlaşma Yönetmeliği gereğince, beyan ile gümrük idaresince yapılan tespit sonucunda belirlenen veya gümrük idaresince tespit edilmesinden önce beyan sahibince bildirilen kıymet farklılıklarına ilişkin tebliğ edilen gümrük vergileri alacakları ile kanunda ve ilgili diğer kanunlarda öngörülen cezalar, uzlaşma kapsamındadır. Dolayısıyla sadece gümrük idaresi tarafından tahakkuk ettirilen gümrük vergi alacakları değil, aynı zamanda gümrük idaresi tarafından tespit edilmeden önce mükellef tarafından bildirilen kıymet farklılıklarına istinaden düzenlenen gümrük vergi ve ceza kararları da uzlaşma kapsamında değerlendirilmektedir. Uzlaşmaya konu alacaklar hakkında yükümlü veya ceza muhatabı tarafından, kanun hükümlerine yeterince nüfuz edilememesinden veya kanun hükümlerinin yanlış yorumlamasından kaynaklanan eksiklik ve aykırılıklar olduğu ya da ihtilaf konusu olayda yargı kararları ile idarenin görüş farklılığının olduğu hususları ileri sürülerek uzlaşma talebinde bulunulabilecektir. Diğer taraftan, aynı nitelikteki alacakların birden fazla gümrük idaresi veya bölge müdürlüklerinde yapılan işlemlere ilişkin olması halinde, alacakların toplamı tek bir uzlaşmaya konu edilebilmektedir. Ayrıca, yükümlü tarafından yapılan beyanın ilgili gümrük idaresi tarafından kontrolü sonucu ek tahakkuku yapılarak yükümlüye tebliğ edilen gümrük vergi alacakları ile para cezası kararlarının tümü de uzlaşma kapsamında değerlendirilebilmektedir. Uzlaşmaya konu olabilecek gümrük vergi ve cezalarının 5607 sayılı Kaçakçılıkla Mücadele Kanunu kapsamında düzenlenen suç/kabahatlerle ilişkili olması durumunda, söz konusu gümrük vergi ve cezaları uzlaşma kapsamında yer almamaktadır. Bu sebeple yükümlü tarafından yapılan uzlaşma başvurularının, anılan kanun kapsamında olup olmadığı hususu, uzlaşma komisyonlarının sekretarya hizmetleri birimlerince değerlendirilmektedir.

Uzlaşmaya konu alacaklara ilişkin uzlaşma talepleri, Gümrük ve Ticaret Bölge Müdürlüğü Uzlaşma Komisyonları ile Merkezi Uzlaşma Komisyonu tarafından değerlendirilmektedir. Uzlaşma talep konusu 500.000-TL'ye kadar olanlar (bu tutar dâhil) için Gümrük ve Ticaret Bölge Müdürlüğü Uzlaşma Komisyonları yetkiliyken, 500.000-TL'yi aşanlar için ise Merkezi Uzlaşma Komisyonu yetkilidir. Uzlaşma komisyonlarının yetki alanlarına ilişkin tutarların tespitinde, her bir kalem eşyaya ilişkin gümrük vergileri ile vergi aslına bağlı kesilen cezalar toplamı, aynı nitelikteki alacaklara ilişkin işlemlerin birden fazla olması halinde alacakların tümü dikkate alınmaktadır.

Yükümlüler, adlarına düzenlenen vergi ve ceza kararlarına karşı uzlaşma yoluna başvurmak yerine Gümrük Kanunu 242. maddesi gereğince öncelikle bir üst makama itiraz edebilmektedir. Öte yandan yükümlülerin, uzlaşma yoluna başvurulmuş olmakla birlikte, gerçekleştirilen uzlaşma toplantısında uzlaşmanın vaki olmaması halinde de Gümrük Kanunu 242. maddesine göre, kendilerine tebliğ edilen vergi ve ceza kararlarına karşı idari itiraz yoluna başvurma hakları bulunmaktadır. Bu halde, uzlaşma başvurusu sebebiyle duran idari itiraz süresi, uzlaşmanın vaki olmadığına dair tutanağın ilgilisine tebliğinden itibaren yeniden işlemeye başlayacaktır. Ancak idari itiraz süresinin bitimine üç günden az süre kalmış olması halinde bu süre üç gün daha uzatılacaktır.

Danıştay tarafından gerçekleştirilen temyiz incelemesi sonunda, vergi mahkemesince verilen kararın bozulmasına hükmedildiği takdirde, dava dosyası yeniden incelenmek üzere vergi mahkemesine geri gönderilecektir. Bu aşamada, vergi mahkemesince gerçekleştirilecek inceleme neticesinde, mahkeme, "uyma" ya da "ısrar" kararlarından birine hükmedecektir. Eğer vergi mahkemesi, Danıştay Başkanlığınca tesis edilen "bozma" kararına uyarsa, dava konusu ihtilaf uyma kararıyla kesin olarak son bulacaktır. Danıştay Başkanlığınca tesis edilen bozma kararına karşı, vergi mahkemesince "ısrar" yönünde karar alınması halinde ise, söz konusu karar aleyhine olan tarafça yeniden temyiz başvurusunda bulunulabilecek olup; bu defa temyiz incelemesi Danıştay Vergi Dava Daireleri Kurulunca ("Kurul") gerçekleştirilecek ve uyuşmazlık nihai olarak karara bağlanacaktır. İkinci temyiz incelemesi neticesinde Kurulca alınacak karar kesin nitelikte olup; bu karara karşı başvurulabilecek herhangi bir yasal yol bulunmamaktadır.